血栓事件方面,尽管发生率很低,目前认为避孕药总体上增加了静脉血栓事件的风险(每10000名妇女每年约增加1.8例)。相较于老一代避孕药,新型避孕药的静脉血栓事件发生率已明显下降。但近来发现,优思明等含有屈螺酮的新型避孕药引起静脉血栓事件的风险比含有左炔诺孕酮的前一代避孕药反而略高,提醒服用这类避孕药的妇女要警惕静脉血栓事件的发生。如服药期间出现头痛、胸痛、腹痛、腿部疼痛或肿胀以及眼部不适等症状时应及时就诊。
恶性肿瘤方面,避孕药除了前面提到的轻微增加乳腺癌发病率外,对乙肝表面抗原阳性者可轻度增加肝癌发生率,故在我国,乙肝患者不推荐服用口服避孕药。
不过,对于非固定性伴侣的人群,口服避孕药不能针对性传播疾病产生保护,安全套则是更为适宜的避孕方式。