Nat Commun：新研究促进癌症的诊断

加利福尼亚大学欧文分校领导的一项新研究发现了一种识别生物标志物的新方法，可以帮助早期癌症诊断。这项研究的重点是肺癌，但是这种被称为“细胞异质性调整的甲基化甲基化（CHALM）”方法也已针对衰老和阿尔茨海默氏病进行了测试，有望用于研究其他疾病。

“我们发现CHALM方法可能是帮助研究人员从基于序列的甲基化数据中鉴定出更可靠的差异甲基化基因的有价值的工具，”格雷斯·贝尔（Grace B. Bell）主席，生物信息学教授Wei Li说。 “对于临床医生来说，这种方法可以帮助他们识别更多有用的生物标记物，从而帮助癌症诊断，这是传统的方法所忽略的。”

该研究发表在《Nature communications》杂志上，标题为“Cellular Heterogeneity-Adjusted cLonal Methylation (CHALM) improves prediction of gene expression”，研究揭示了从测序数据计算DNA甲基化水平时考虑细胞异质性的重要性。

“将我们的CHALM方法应用于肺癌数据集之后，我们能够鉴定出更可靠的且与生物学功能相关的差异甲基化基因。应用我们的CHALM方法可能会导致更好的早期癌症检测，”Li说。

通过使用传统的方法识别癌症生物标记物，基因表达与启动子甲基化之间的相关性往往较弱，尤其是对于甲基化程度较低的基因而言。这项新研究发现CHALM方法可以更可靠地鉴定传统方法无法检测到的甲基化标记。

资讯出处：New study points to better diagnostics for cancer

原始出处：Jianfeng Xu et al, Cellular Heterogeneity–Adjusted cLonal Methylation (CHALM) improves prediction of gene expression, Nature Communications (2021). DOI: 10.1038/s41467-020-20492-7